تنها یک روز پس از احضار مطهره گونهای، فعال دانشجویی، به دادسرای فرهنگ و رسانه، رسانه قوه قضاییه ایران از بازداشت و معرفی او به زندان خبر داد.
خبرگزاری میزان روز دوشنبه ۱۶ مهر در خبری کوتاه، مطهره گونهای را به « توهین و اقدام علیه امنیت ملی و روانی جامعه» متهم کرد و مدعی شد که او در روزهای اخیر «محتواهای توهینآمیز تولید و منتشر کرده است».
این رسانه بدون توضیحات بیشتری در رابطه با چگونگی بازداشت و محاکمه و حتی محل نگهداری مطهره گونهای نوشت که او به زندان معرفی شده است.
مصطفی نیلی، وکیل مطهره گونهای، بازداشت او را جهت اجرای حکم یک سال حبس بابت اتهام «فعالیت تبلیغی علیه نظام» عنوان کرده است.
آقای نیلی در شبکه اجتماعی ایکس نوشت که دلیل این حکم همراهی مطهره گونهای در تحصن مربوط به اعتراض به حکم اعدام توماج صالحی در خانه موسیقی و تعدادی از توییتهای او بوده است.
خانم گونهای که از دانشجویان دانشگاه علوم پزشکی تهران است روز یکشنبه خبر داده بود که با اتهاماتی مانند «تبلیغ علیه نظام» و «توهین به مقامات و مامورین» پرونده جدید قضایی برای او گشوده و به دادسرای فرهنگ و رسانه احضار شده است.
این اقدام قضایی علیه او در پی اشاراتی که به حضور اصلاحطلبان در نماز جمعه هفته اخیر تهران به امامت علی خامنهای، رهبر جمهوری اسلامی، داشت، صورت گرفته است.
او با انتشار پستی در شبکه اجتماعی ایکس از اصلاحطلبان با عنوان «اصلاحطلبان صندوقی» یاد کرد و شرایط امام جمعه را «عقل، ایمان، حلالزادگی و عدالت» نامید که باعث انتقاد طرفداران جمهوری اسلامی و همچنین شماری از اصلاحطلبان شد.
مطهره گونهای همان روز در شبکه اجتماعی ایکس نوشت که با «اعمال فشار گروههای تندرو» و برداشتهای «شخصی و ناصواب» از نوشتههای او توسط افراد متعددی از جمله «بخشی از اصلاحطلبان»، او تا اطلاع ثانوی از ادامه تحصیل نیز محروم شده است.
مطهره گونهای از جمله دانشجویان تعلیقی بود که اعلام کرده بود با دریافت حکم لغو به دانشگاه بازگشته است، اما روز یکشنبه رسانههای ایران اعلام کردند که مسعود حبیبی، معاون فرهنگی و دانشجویی وزارت بهداشت، خبر داده که حکم بازگشت او به دانشگاه لغو شده است. وی در اردیبهشت ۱۴۰۲ به اتهام «ایجاد بلوا و آشوب در دانشکده» از اتمام ترم آخر دکترای دندانپزشکی بازماند و به مدت ۵ سال از تحصیل محروم شد.